相思社は、２０１２年４月１日に「一般財団法人水俣病センター相思社」として再出発した。名称が変わっても、事業の内容が変わったわけではない。が、組織や財務の形態は大きく変化した。　２０１２年度はスタッフが一人増え、４人となった。スタッフ候補、常勤パートを含めて８名の職員で運営してきた。　２０１２年７月に特措法による救済措置の受付が締め切られた。　２０１３年１０月には水銀条約が熊本県で採択・署名されることになった。